数学与应用数学专业前身可追溯至1978年琼台师范学校开设的大专理科数学班，2013年被评为海南省省级特色专业。课程体系以数学学科基础为核心，涵盖数学分析、高等代数、概率论等理论核心课程，同时融入教育学、心理学等师范课程，构建“数学+教育”双核能力培养模式。毕业生扎根海南基础教育，近40%成为小学数学学科带头人，部分校友入选国家杰出青年基金项目。
科学教育专业是2016年经批准新成立的四年制本科专业。科学教育专业是在原有的科学教育专业（五年制）和初等教育专业（科学与数学方向）的基础上发展起来的，为本校第一批开设的本科专业，同时也是海南省本科院校中唯一开设的科学教育专业。科学教育专业于2020年度入选海南省级一流本科专业建设点，于2021年度入选国家一流本科专业建设点。
生物科学专业始建于2019年，作为校级生物学重点学科的支撑专业，构建"1+2+1"校际协同育人体系，确立"文化涵养筑基、学科素养固本、国际视野拓界"的办学理念，精准对接海南自由贸易港建设、热带雨林国家公园发展及区域产业升级需求，着力培养兼具热带生态保护意识和现代生物技术应用的技能复合型人才。
化学专业是琼台师范学院2024年新办本科专业。该专业立足于海南自贸港建设需求，以“立德树人”为根本任务，探索和创新教育教学模式，通过学科实践、创新培养和产教融合，科学系统的培养掌握绿色化学、分析检测等核心技术的应用型人才。
